Yapısal izomerler ile geometrik izomerler arasındaki temel fark atomların birbirine bağlanma düzenidir. Yapısal izomerlerde molekülün kapalı formülü aynı kalırken atomların birbirine bağlanma sırası değişir, yani molekülün iskelet yapısı tamamen farklı bir hal alır. Geometrik izomerlerde ise hem kapalı formül hem de atomların hangi karbona bağlı olduğu tamamen aynıdır. Buradaki asıl fark, genellikle karbonlar arasındaki ikili bağın etrafında dönmenin engellenmesi yüzünden atomların veya grupların uzaydaki yönelişlerinin farklı olmasıdır. Bir önceki soruda konuştuğumuz gibi aynı grupların ikili bağın aynı tarafında veya çapraz konumda yerleşmesi durumu sadece geometrik izomerlikte görülür. Yani yapısal izomerde atomların yerleri komple değişirken, geometrik izomerde atomlar aynı yerdedir ama molekülün uzaydaki üç boyutlu duruşu farklıdır.
