Kimyasal ve mekanik sindirim arasındaki temel fark, besinlerin yapısında meydana gelen değişim türüdür.
Mekanik sindirim, besinlerin sadece fiziksel olarak daha küçük parçalara ayrılması olayıdır. Bu süreçte besinlerin kimyasal yapısı değişmez, sadece yüzey alanı artırılır. Örneğin, ağızda dişlerle besinlerin çiğnenmesi, midede kas hareketleriyle besinlerin çalkalanması mekanik sindirimdir. Mekanik sindirimin amacı, kimyasal sindirimi kolaylaştırmaktır.
Kimyasal sindirim ise besinlerin enzimler ve su yardımıyla kimyasal bağlarının koparılması ve yapı taşlarına kadar parçalanması olayıdır. Bu süreçte besinlerin kimyasal yapısı değişir. Örneğin, karbonhidratların amilaz enzimiyle, proteinlerin pepsin enzimiyle ve yağların lipaz enzimiyle parçalanması kimyasal sindirimdir. Kimyasal sindirim sayesinde büyük moleküller, hücre zarından geçebilecek kadar küçük moleküllere (glikoz, amino asit, yağ asidi gibi) dönüşür.
